软式消化内镜管腔结构细长，给清洗消毒带来很多的困难。2012~2015年出现的十二指肠镜感染事件更让人对内镜再处理的有效性提出了质疑。虽然消化内镜厂家针对每一款软式内镜都发布了详细了《清洗、消毒和灭菌操作手册》。但是，内镜的感染事件还是没能完全避免。究其原因，一方面与内镜自身的设计有关；另一方面与使用者后期的处理相关。使用后的内镜都需要进行预处理，比如内镜表面的擦拭、内镜管腔的冲洗和内镜水气管道的处理等。
一、表面的处理
消化内镜使用后，表面会有大量的粘液、血液等污染物，如不及时处理会干涸在内镜表面，增强后续清洗的难度。一般推荐使用含有多酶的湿巾或纱布进行擦拭。对于自制多酶纱布，建议使用低稀释配比的多酶清洗液，可以最大程度与污染物作用。不建议使用多酶原液，原液内含有稳定剂，没有达到稀释比例时无法发挥酶解作用。
二、管腔的处理
管腔处理包括吸引管腔、钳道管腔、副送水管腔和水气管腔等。卫生行业标准《WS507-2016软式内镜清洗消毒技术规范》对内镜的管腔处理流程和要求等有明确的说明。但是，WS507对于操作要求的标准实际上低于软式内镜厂家的清洗要求。如果单纯的依赖规范指导，不对内镜进行具体的分类处理也可能会导致内镜清洗不彻底，引发感染。例如，规范要求预处理“抽吸清洗液直至流入吸引管”。这种表述让很多使用者以此标准进行预处理，很难对管腔结构进行充分的冲洗。从内镜厂家要求看，清洗普通胃肠镜的吸引/钳子管道至少吸引水10s。对于十二指肠镜、呼吸内镜、超声胃镜等难清洗的内镜，预处理吸引水至少20s以上。日本内镜技术协会关于内镜预处理，有具体冲洗量的要求，吸引清洗液至少200ml以上。同样，水气管道需要更换清洗接头后进行反复的送水送气至少10s以上，更换清洗接头的目的是为了增大通气送水量，避免喷嘴堵塞。副送水等管道需要使用至少30ml清洗液进行冲洗，然后在注入空气排除清洗液。

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三、清洗液的使用
内镜管道内的污染多且复杂，单纯使用水进行冲洗，很难达到比较好的冲洗效果。一般推荐冲洗内镜管道使用多酶清洗液。日本内镜医师协会对比清水和多酶清洗液冲洗管道后的微生物培养情况发现，使用多酶清洗液冲洗后的管道微生物培养降低50%。因此，软式内镜管道应使用高浓度多酶（高于后续正常清洗流程中的稀释比例。）进行充分的冲洗，可以降低后续处理的难度。
四、保湿处理
硬式内镜和手术器械保湿是常用的方法，可以在一定程度上防止污染物干涸。那么，软式内镜是否需要进行保湿处理呢？胃肠镜的操作和处理基本都是在内镜中心进行，距离短、周转快，基本不存在长距离运输、放置等待等问题。所以，规范并未对胃肠消化内镜做出保湿处理的要求。如果有不能及时清洗、长距离运输等问题，应该对内镜进行保湿处理。目前，市面也有商品化具有保湿功能的内镜清洗液。因此，如果不能及时处理可以采用合适的保湿剂进行处理，前提是不会对内镜造成损害。

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